No segundo turno das eleições presidenciais, realizado no domingo, 25, Flávio Bolsonaro (PL) não recebeu votos em 78 locais de votação. A maioria dessas seções está localizada na Região Norte, onde 56% dos locais registraram votação zerada para o senador. Nestes mesmos locais, Luiz Inácio Lula da Silva (PT) concentrou os votos válidos, incluindo cinco seções na Terra Indígena Vale do Javari, que somaram mais de mil votos para Lula e nenhum para Flávio Bolsonaro. Nessas seções da Terra Indígena, os votos brancos e nulos totalizaram 26.

A distribuição dos demais locais sem votos para o senador inclui cerca de 32% no Nordeste, 5% no Centro-Oeste, 4% no Sudeste e 3% no Sul. No estado do Amazonas, o senador não recebeu votos em seções de 13 municípios: Tabatinga, Maués, Santo Antônio do Içá, Atalaia do Norte, São Paulo de Olivença, Benjamin Constant, Santa Isabel do Rio Negro, São Gabriel da Cachoeira, Japurá, Carauari, Urucurituba, Parintins e Juruá.

Em contrapartida, Flávio Bolsonaro foi o único dos dois candidatos a receber votos em três locais de votação nos municípios de Jacareacanga (PA), Chaves (PA) e Cândido Godói (RS). Esses locais registraram 180 votos para o senador e quatro votos brancos ou nulos.

No segundo turno, Lula venceu em 2.875 municípios, um aumento de cerca de 8% em relação ao primeiro turno. Flávio Bolsonaro obteve a maioria dos votos em 2.695 municípios. No município de Marquinho (PR), os dois candidatos empataram com 1.530 votos cada. Lula reverteu o resultado em 211 cidades onde havia perdido no primeiro turno, das quais 57% estão na Região Sudeste e cerca de 19% na Região Sul.